托马斯他们逃出了迷宫，但灾难并未结束。
一个叫“灾难总部”的机构设计了迷宫实验，托马斯他们是A组实验对象。一夜醒来，所有人的颈后都出现了神秘文身，特蕾莎不见了，代之以一个来自B组的男孩。众人被告知染上了闪焰症病毒，只有通过第二关考验才有治愈的可能。他们必须在两周内穿越100英里的焦土区，才能到达安全避难所。高温、暴雨、致人死命的水银球，还有横行街头的眩疯病人、B组的劫杀……
忠诚与背叛，生存与死亡，自护与劫杀……托马斯他们面临前所未有的考验。