《新编日语教程》第三版共由六册组成，承接第二版的主线，并在整体上优化了第二版的知识结构和体系。全书围绕主人公留学日本的学习、工作和生活进行编写，兼具知识性、趣味性和实用性。每册均有四个基本单元、十六课，第一册还增设了入门单元。每课基本由课文、会话、生词表、句型、语法、词汇、表达方式、练习、补充词汇表等部分构成。第一二册的每篇课文后都增设了课外小知识部分，让学习者在学习语言之余，还能加深对日本文化、社会背景等方面的理解。
从第二册开始，就以原汁原味的日语文章为课文素材，让学习者在入门阶段就接触到最地道的日语表达，通过地道的文章去学习日语单词和语法，改变了传统的以单词和语法学习为主体的教材编排模式。
整套教材考虑到日语能力考试改革的方向，注重培养学习者日语知识的实际运用能力。各个部分的编写都以“实用”为原则。第一册相当于新日语能力考试N5级别的程度，第二册相当于N4级别的程度，第三册相当于N3级别的程度，第四册相当于N2级别的程度，第五、六册则是相当于N1级别的程度。
为方便学习者学习巩固所学知识，本套教材配备了由资深外教老师献声的MP3光盘，并同步出版了练习册和辅导手册。