《黄元御医学全书》收录了黄氏存世医书十一种，即《素问悬解》、《灵枢悬解》、《难经悬解》、《伤寒悬解》、《金匮悬解》、《伤寒说意》、《四圣心源》、《四圣悬枢》、《素灵微蕴》、《长沙药解》、《玉楸药解》，共101卷。黄元御对《素》、《灵》、《难经》、《伤寒》、《金匮》诸书进行了重新编次，厘定，对原书文字逐段诠释，阐发其经旨微义，确有独到之处。
黄氏于临床，精通五运，明彻脏腑，娴熟脉法，组方遣药，配伍精当，验之于证，疗效颇高，曾荣受乾隆帝新题之“妙悟岐黄”扁额。