故事的主人公吉姆，是一个十岁大的小男孩，吉姆的父母在黑山海湾旁经营一家旅馆名为「本鲍上将」。有一天，旅馆来了一位脸上带着刀疤、身材高大结实、非常引人注目的客人，原来他就是比尔船长。
吉姆非常喜欢听比尔船长讲故事，那些听起来挺吓人的经历，像是罪犯被处以绞刑、海盗双手被绑而且蒙眼走跳板、突如其来的海上大风暴、遍地骨骸的西班牙海盗巢穴等，每次都让吉姆又爱又怕，也让宁静的小镇增添了不少新鲜刺激的话题。
没多久，比尔船长因为饮酒过量加上受到惊吓而死在旅馆中，吉姆无意间发现比尔身上带着的一张藏宝图，那是海盗普林特船长所遗留下的，于是吉姆和一群人的金银岛寻宝的故事就此展开。
心怀不轨的海盗们乔装成一般的水手，当中还包括阴森诡谲的独脚水手西尔弗。大伙儿假装跟着吉姆和利弗希医生一起去寻宝，航海的过程中，充满了千辛万苦和千奇百怪的事。不仅发生了足以让人丧命的疟疾病乱，还曾经发生海盗们群体叛乱的恐怖事件。