《玄隐遗密》由《九真要》《九常记》《黄帝内经》（太乙版）《阴阳大论》四部分组成。皆是以自然现象、天地形物的变化来探究、阐释人体脏腑功能，用天地之理讲医学、讲人体的古典医学。皆是在道家、道教医学人士中，主要以口口相传、师徒相传的形式保存下来，至今未有刊行。其中《黄帝内经》与现在通行本有很大的不同，无论是篇幅、内容，环是理论观点都有颇多差异。再如《九常记》所论之脏腑，是中医脏器学的开始，是五脏六腑说形成之前对人体器官认识的雏形。学习研究该书，可以使读者知晓在现在通行的中医理论学说之外，不同的学说和认识。
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