“圣杯战争”是七位魔术师与七位英灵缔结契约，以据说可以实现所有愿望的许愿机——圣杯为赌注展开争斗的仪式。在1991年举行的圣杯战争中，沙条爱歌与剑士订立契约，利用自己在魔术上的天赋才能横扫其他阵营。
在圣杯的作用下，潜行者、狂战士和骑兵这些从者受召唤降临东京。他们与各自的魔术师御主发生了纠葛，同时也以自己的方式参与到圣杯战争中。潜行者对抗着自身面临的困境，骑兵则是曾经的世界统治者，而狂战士与御主来野巽一同为阻止圣杯战争而战，然而，巽的身边出现了一位神秘女子……