2004年，这是最坏的年代。
陈永仁殉职后10个月，刘建明被警队内部调查，架空职权，其妻Mary也愤然离他而去。决定重新做人的刘建明怀疑警队明日之星杨锦荣是黑社会卧底，并开始调查他。但与此同时却发现一个伤残的神秘人在跟踪自己，并恐怖地意识到自己正一步步被他们逼入死角……
2001年，这是最好的年代。
为了得到黑社会老大韩琛的信任，陈永仁不惜以身试法，一次又一次犯下违背自己良心的罪行。可韩琛暗藏祸心，陈永仁几次死里逃生，更引来杨锦荣的咄咄相逼，四面受敌。与此同时，陈永仁也与上司黄Sir交恶，屡犯暴力罪行，被判心理辅导治疗。而在与漂亮医生Dr.Lee的交往中，陈永仁体味到了久违的人间温情。可惜，这时他已在无间道中走得太远……